所得控除は様々な種類がありますが、年末調整では申告できないものもあります。代表的なものは「ふるさと納税」などの「寄付金控除」と「医療費控除」です。ふるさと納税はワンストップ特例制度といって、確定申告によらないで寄付金控除を受けることもできます。

また、補足情報になりますが、年末調整をもとに所得税のほか、住民税も計算されます。住民税の考え方も控除の額に違いはありますが、基本的には一緒です。